代替休暇制度は、中小企業以外の企業において、1箇月について60時間を超えて時間外労働をした従業員に対し、労使協定及び当該従業員の申し出により、5割に引き上げられた割増賃金支払いの替わりに有給の休暇を取得できる制度です。

なお、代替休暇に充てられるのは、

5割以上の割増率－（従来の）2割5分以上の割増率

の部分となりますので、代替休暇を与えた場合でも、2割5分以上の割増賃金は支払わなければならないこととなります。

【労使協定で定める事項】

代替休暇制度について労使協定で定める主な事項は次のとおりです。

1. 代替休暇として与えることができる時間の時間数の算定方法
   　
2. 代替休暇の単位
• 1日単位・半日単位 のうち、一方または両方を定める（時間単位はダメ）

　
3. 代替休暇を与えることができる期間
• 60時間を超えた時間外労働を行った月の末日の翌日から2箇月以内の間で定める

　
4. 代替休暇の取得日及び割増賃金の支払日
• 代替休暇の取得日は従業員の意向を踏まえて決定すること
• 代替休暇をとる予定だったが結局取れなかった場合の割増賃金の支払日などを定める

【代替休暇と年次有給休暇との関係】

年次有給休暇の付与要件（全労働日の8割以上の出勤）をみる場合には、代替休暇を取得した日は年次有給休暇の算定基礎となる全労働日に含まないものとして取り扱います。

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